[nando3d]

Naturalmente é uma partição separada.
Minha dúvida é se essa troca causaria algum problema causado por arquivos residuais na HOME por SUSE ter uma base diferente do Debian.

Não, na home só tem arquivos de configuração de programas, cache, além da sua biblioteca pessoal.

Já fiz isso quando fazia distrohopping, com a home separada, testei Fedora, Arch, Mint, etc com a mesma home. 

Normalmente o que gera bagunça é se você migrar de desktop, como de KDE Plasma para Gnome, pois pode levar junto ícones, fontes e esses deixarem o visual estranho.

[PaninoManino]

Não, na home só tem arquivos de configuração de programas, cache, além da sua biblioteca pessoal.

Já fiz isso quando fazia distrohopping, com a home separada, testei Fedora, Arch, Mint, etc com a mesma home. 

Normalmente o que gera bagunça é se você migrar de desktop, como de KDE Plasma para Gnome, pois pode levar junto ícones, fontes e esses deixarem o visual estranho.

Acho que um dia, quando tiver tempo, experimentarei trocar para o SUSE para ver o que acontece.
Falta de tempo é foda.