[gusyavoo]

Com apenas 3 casais iniciais acaba que depois de 400 anos, por exemplo, todo mundo é seu primo em algum grau.

Pouca variabilidade deixa o conjunto mais suscetível a doenças. Então ta ai talvez o porque a vila não tem muita gente.

Não acho que seja isso.
Se parar pra pensar, desde 6 meses que ele esta lá, não teve uma doença com exceção da Ruri.

Outra coisa, lá não tem muitos fatores que espalham doenças.
Tipo, se esse grupo da Vila fosse para uma cidade, ou recebesse visitantes, ok faria sentido eles adoecerem mais, mas como ali é um lugar fechado, não tem muito fator para espalhar doença, tirando as hereditárias.
Mas na minha opinião isso é só um erro do autor mesmo.